Порушення територіальної цілісності української держави — Гетьманщини
Гетьманство Ю. Хмельницького
Тим часом Лівобережну Україну зайняли царські війська. Російські представники, ігноруючи договір 1654 р., відмовилися визнавати обрання Ю. Хмельницького. На їхню вимогу в Переяславі 17 жовтня 1659 р. відбулася ще одна рада, де вдруге обрали гетьманом Ю. Хмельницького і затвердили нові статті. В основі їх були статті 1654 р., уже змінені в Москві і доповнені кількома новими пунктами. Переяславські статті 1659 р. помітно обмежували українську автономію: збільшувалася кількість російських воєвод і гарнізонів у п’яти містах, гетьману заборонялися самовільні відносини з іноземними державами і військові походи, призначення та усунення полковників. Ю. Хмельницькому і багатьом полковникам не міг сподобатися відвертий наступ на українські права, та в оточенні московського війська вони не могли нічого вдіяти. У козацькому таборі знову посилилися вагання.
Наприкінці літа 1660 р. російські й українські війська нарізно виступили у похід проти польської армії на Правобережжя. Незабаром московські полки потрапили в оточення і після тривалого відступу капітулювали під Чудновом. Ю. Хмельницький, зустрінутий польськими військами, вступив у переговори. 17 жовтня 1660 р. під Слободищем він підписав трактат, який відновлював чинність Гадяцького договору. Але становище Ю. Хмельницького було хистким. Гетьман із нього не вийшов. Україну заполонили польські, російські, татарські війська. Лівобережні полки й Січ не визнали Слободищенського трактату і залишилися вірними царю, обравши наказним (тимчасовим) гетьманом Я. Сомка. Українська держава фактично розпалася на дві частини. Спроби Ю. Хмельницького за допомогою поляків і татар відновити свою владу на Лівобережжі нічого не дали. Відчуваючи своє безсилля, він зрікся булави і постригся в ченці.
Гетьманство П. Тетері та І. Брюховецького
На початку 1663 р. у Чигирині правобережні полки обрали гетьманом генерального писаря Павла Тетерю (1663–1665), зятя Б. Хмельницького. Але Лівобережжя й Запоріжжя не визнали його. У червні на «чорній» раді в Ніжині в гострій боротьбі гетьманом був обраний кошовий отаман Іван Брюховецький (1663–1668). Він переміг завдяки демагогічним обіцянкам захистити бідноту від зловживань старшини і підтримці московського уряду, з яким давно підтримував тісні відносини. Так, у 1663 р. Українська держава остаточно розкололася: Правобережжя залишилось у складі Польщі, а Лівобережжя — у складі Росії. Кожна частина мала свого гетьмана, генеральну старшину, полково-сотенну організацію, користувалась автономією. Народ же сприймав Україну як одне ціле, прагнув до відновлення єдиної держави. Це відповідало й інтересам старшини. Росія і Польща також хотіли поширити свою владу на всю Україну. Тому кожна зі сторін вела боротьбу за приєднання іншої. Боротьба тривала чверть століття, не принесла ніякої користі народу, призвела до зруйнування господарства і спустошення великої частини України. «Руїна» — так назвали сучасники й історики той трагічний період.
Наприкінці 1663 р. польські війська і полки П. Тетері вступили на Лівобережжя та після кількох перемог і поразок були змушені повернутися на правий берег Дніпра. Фактично втративши владу, П. Тетеря навесні 1665 р. склав булаву і, забравши цінності та клейноди, утік у Польщу. Правобережним гетьманом був обраний генеральний осавул Петро Дорошенко (1665–1676), дід якого, Михайло Дорошенко, був козацьким гетьманом ще в 20-ті рр. XVII ст. і став героєм відомої народної пісні. П. Дорошенко прагнув зберегти і зміцнити козацьку державу, відновити її цілісність. За його пропозицією старшинська рада в 1666 р. вирішила заручитися підтримкою Туреччини й Криму, «щоб вигнати всіх ляхів з України до Польщі». За допомогою орди був розгромлений шеститисячний польський загін.
Тим часом гетьман Лівобережної України І. Брюховецький швидко втрачав довіру козацтва. Щоб зміцнити особисту владу, він у 1665 р. першим з українських гетьманів прибув до Москви. Намагаючись задовольнити бажання царського уряду, він запропонував збирати в Україні податки й мито на користь російської скарбниці, ввести в усі значні міста воєвод і надати їм право судити місцеве населення. Ці пункти лягли в основу Московських статей. За це гетьман одержав великі земельні пожалування і боярський титул, а його прибічники — дворянство. Козацтво й більша частина старшини були надзвичайно обурені вчинками гетьмана. До того ж І. Брюховецький забув про свої обіцянки полегшити становище бідноти, а неугодну старшину карав, як хотів.
Андрусівське перемир’я 1667 р.
Значний протест в Україні викликали умови перемир’я Росії з Польщею, укладеного в с. Андрусові під Смоленськом 30 січня 1667 р. За Росією залишалися тільки Київ (на 2 роки) і Лівобережна Україна. Правобережжя поверталося Польщі, а Запоріжжя мало перебувати під спільним управлінням двох держав. Своїм підписом під Андрусівським договором Росія остаточно перекреслила статті 1654 р., у яких вона зобов’язувалася захищати цілісність України. І. Брюховецький вирішив скористатися народним обуренням, щоб врятувати свій авторитет. На початку 1668 р. він очолив повстання проти Москви, повиганяв воєвод із більшості міст, установив зв’язки з П. Дорошенком, Туреччиною й Кримом.